Зав'язка
До Японії прибуває португальський місіонер, сповнений фанатичної віри та переконання у вищості християнства. Його мета — вирвати японців з «помилок» їхнього язичництва та привести їх до «єдиної істинної віри». Він сприймає місцеву культуру як щось примітивне, що потребує виправлення.
Розвиток дії
Місіонер починає свою проповідницьку діяльність, стикаючись із різними верствами японського суспільства. Він намагається логічно довести перевагу своєї релігії, але щоразу натрапляє на дивну стіну: японці слухають його ввічливо, посміхаються, але їхня внутрішня суть залишається недоступною. Конфлікт загострюється, коли священик починає відчувати, що його слова не мають сили над людьми, які живуть у гармонії зі своїми традиціями.
Кульмінація
Моментом найвищої напруги стає усвідомлення місіонером того, що його зусилля марні. Він бачить, що японська культура не «бореться» з ним у відкритому бою, а просто поглинає його агресію своєю м'якістю та відстороненістю. Він починає відчувати себе чужинцем не лише фізично, а й духовно, розуміючи, що «істина», яку він привіз, не резонує з місцевим світосприйняттям.
Розв'язка
Фіналом стає іронічне розуміння того, що «усмішка богів» — це не знак згоди чи прийняття, а вияв вищої іронії над людською гординею. Місіонер залишається зі своїми переконаннями, але вони більше не здаються йому абсолютними. Твір завершується відчуттям трагічного розриву між двома світами, які так і не змогли почути один одного.