Зав’язка. Родинний сад Накамура з альтанками «Хатина перелітного журавля» та «Павільйон очищення душі» занепадає. Старий батько (інкьо) бачить у саду містичного куґе, що віщує смерть старої епохи. Бунсіцу, ставши головою, нищить ландшафт прагматизмом, засаджуючи його плодовими деревами. Сад стає пусткою, а родина поступово вимирає.
Розвиток дії. Повертається вигнанець Сандзіро. Він хворий, похмурий і уникає людей. Проте, зворушений давньою піснею, яку співає мати, він починає відроджувати струмок. Він працює голими руками, задихаючись від кашлю. Молодший брат зневажає його за «марну працю», бо рис і гроші тепер важливіші за естетику ставків.
Кульмінація. Сандзіро та маленький Реніті власноруч розчищають русло. Коли вода нарешті починає текти, а в ставку у формі гарбуза знову відбивається сосна — Сандзіро відчуває, що його провину змито. Це перемога волі над розпадом. Незважаючи на те, що він забуває назви дерев через хворобу, він відновлює саму «душу» місця.
Розв’язка. Сандзіро помирає, і дверцята божника в його кімнаті нарешті відчинені — знак примирення з предками. Роки потому сад зносять під будівництво залізничної станції. Проте новела закінчується в Токіо: Реніті стає живописцем. Кожного разу, малюючи, він бачить перед собою сад і обличчя дядька. Сад переміг час, ставши частиною вічного мистецтва.
