Зав'язка. Нацисти окупують Бельгію. Батьки семирічного Жозефа, побоюючись репресій, вирішують сховати сина у католицькому інтернаті «Вілла Жасмін», яким керує отець Понс. Для хлопчика, вихованого в атеїстичній сім'ї, потрапити в релігійне середовище — справжній культурний шок. Він не розуміє обрядів, молитов і хрестів, але швидко усвідомлює, що тут безпечно, а старий священик — надійна людина.
Розвиток дії. Жозеф живе подвійним життям: вдень він «Жозеф Бернье», католик і учень школи, а вночі думає про батьків і свою єврейську ідентичність. Отець Понс відкриває для допитливого хлопчика таємницю підвалу: там він зберігає тору, менору, корани, іконки та інші священні предмети, конфісковані або рятовані від знищення. Жозеф стає мимовільним охоронцем цього ковчегу. Одночасно хлопчик зближується з Рюті і потрапляє у вир перших почуттів. Між ним і отцем Понсом виникає глибока духовна розмова: чи існує Бог, якщо відбувається таке? Отець не нав'язує відповіді, а вчить хлопчика самостійно шукати сенс.
Кульмінація. Нацисти посилюють облави. Батьків Жозефа депортують — хлопчик дізнається про це лише згодом, з листа. Він залишається один, але отець Понс стає для нього духовним батьком. У цей найтемніший момент Жозеф вперше починає молитися — не тому, що вірить, а тому, що молитва дає відчуття зв'язку з людьми, яких він любить. Це переломна мить: дитина-атеїст відкриває не стільки Бога, скільки людську потребу у духовній спільноті.
Розв'язка. Після звільнення Бельгії Жозеф дізнається, що його батько загинув у таборі, а мати вижила. Отець Понс передає хлопчику ковчег з реліквіями — як символ того, що культура і віра різних народів уціліли завдяки таємному порятунку. Доросліший Жозеф розуміє: отець Понс був справжнім Ноєм сучасності, який врятував не тварин, а людські душі і пам'ять. Твір завершується роздумами про те, що кожна людина може стати Ноєм — рятувати те, що варте порятунку, навіть коли навколо — потоп.
