Зав’язка. На Саллівеновому острові поблизу Чарлстона Легран знаходить незвичайного жука та шматок пергаменту. Через випадковий збіг обставин — холод і розпалене вогнище — на пергаменті під дією тепла проявляється зображення черепа. Легран, маючи знання з хімії, розуміє, що пергамент оброблений невидимим чорнилом (кобальтом у селітряному спирті), і починає досліджувати його далі.
Розвиток дії. Легран помічає на пергаменті малюнок козеняти (англійською — Kid). Це ребус-підпис легендарного пірата капітана Кіда. Головний герой застосовує метод криптографії: він рахує частоту появи знаків у шифрі. Зрозумівши, що найпоширеніший знак («8») відповідає найчастішій літері англійської мови («е»), він читає текст інструкції, що веде до тюльпанового дерева.
Кульмінація. Герої вирушають до велетенського дерева. Джупітер вилазить на нього і, попри страх, опускає жука крізь очницю черепа. Через помилку слуги перша яма виявляється порожньою. Тільки після повторного точного розрахунку Леграна вони викопують скриню зі скарбами на суму понад півтора мільйона доларів. Це момент найвищої емоційної напруги та перемоги інтелекту.
Розв’язка. Легран розкриває Оповідачеві всі таємниці свого методу. Він пояснює кожну деталь: від того, як пов'язав козеня з піратом, до того, як розгадав координати. Він зізнається, що використав жука під час розкопок лише як частину "містифікації", щоб покепкувати з Оповідача, який не вірив у його розум. Таємниця двох скелетів у ямі пояснюється жорстокістю Кіда, який вбив свідків.
